Merzifonlu Kara Mustafa Paşa (1634-1683) tarafından 1670 yılında yaptırılmıştır. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Osmanlı İmparatorluğu’nun 1676-1683 yılları arasında sadrazamlık yapmış bir devlet adamıdır.
1829 yangınında çevre ile birlikte mescid de yanmış,1831 yılında yeniden ihya edilmiş ve minber de koydurularak camiye çevrilmiştir. 1865 yılında Hocapaşa yangınında tekrar hasar görmüş ve tekrar tamir edilerek ibadete açılmıştır.1928 yılında harabe haline gelen cami, tamamen yıktırılmıştır. 1987 yılında da Merzifonlu Kara Mustafa Paşa ismiyle bugün mevcüt olan cami haline getirilmiştir.