İstanbul’un fethinden sonra camiye çevrildiği için mekânın içinde ve dışında çok fazla değişiklik yapılmamıştır. Silah ve ganimetlerin depolandığı Cebecihane olarak kullanılmıştır. 1. Ahmed (1703-1730) döneminde yapılan giriş revakında yer alan 1726 tarihli onarım kitabesinden yapının Darü’l-Esliha olarak onarıldığı ve burada depolanan silahların düzenlenerek, adeta bir silah müzesi durumuna getirildiği; revaktaki 1744 tarihlikinci kitabeden de yapının I. Mahmud (1730-1754) döneminde yapılan onarımlar sonrasında yeniden Cebecihane haline getirildiği anlaşılıyor.
19 Yüzyılda Harbiye Ambarı adıyla depo işlevi devam eden yapı, 1846 yılında Tophane Müşiri Fethi Ahmed Paşa’nın girişimiyle Mecma-i Esliha-l Atika (Eski Silahlar Koleksiyonu) ve Mecma-l Asar-I Atika (Eski Eserler Koleksiyonu) adıyla iki bölümden oluşan bir müze haline getirilmiştir. Daha sonra yeniden eser deposu haline gelen yapı, 1908-1940 yılları arasında Askeri Müze olarak kullanılmıştır.