Sultan II. Abdülhamid tarafından ilk önce sarayda hizmet eden kişiler için yemekhane olarak inşa edilen yapı, Sarayda daha önceden mevcut bulunan Silahhäne’nin buraya taşınmasından sonra bu adla anılmaya başlanmıştır.
Yıldız Arşivi ile Yıldız Sarayı‘nın adı, Sultan II. Abdülhamid’le anılmış ve adeta bu dönemin simgesi haline gelmiştir. Sultan, 33 yıllık bir zaman diliminde biriken elyazması ve basılı kitap, harita ve fotoğraflardan oluşan çok zengin bir kütüphane, koleksiyonlar ve arşiv kurdurdu. Ayrıca ülke tanıtımına da çok önem veren padişah, başta İstanbul olmak üzere imparatorluğun muhtelif şehirlerinin önemli fotoğraflarını ihtiva eden çok değerli bir albümler koleksiyonu hazırlatmıştı. Sultan II. Abdülhamid’in 31 Mart Vakası ile 27 Nisan 1909’da tahttan
uzaklaştırılmasından sonra Yıldız Sarayı ile birlikte kütüphane de tasfiye edilmiştir.
Kutular içinde ve tomarlar halinde albümler, eşsiz el yazmaları, hat levhaları ve çeşitli antika eserleri Maarif
Nezareti’ne (14 Mart 1910) teslim edilmiştir. Cumhuriyetin ilk yıllarında ise Millet Meclisi’nin çıkardığı kanun
ile Darülfünun’a listanbul Üniversitesi’nin Genel Kitaplığı’nal devredilmiştir.
27.04.2022 tarihinde Milli Saraylar İdaresi Başkanlığı ile İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü arasında imzalanan 867262 sayılı protokol ile; İstanbul Üniversitesi Nadir Eserler Kütüphanesi’nde bulunan, kutular içinde ve tomarlar halindeki albümler, mücevher değerindeki el yazmaları, hat levhaları ve çeşitli antika eserlerden oluşan Kütüphane-i Hümayun, orijinal ahşap kitap dolapları ile birlikte teslim alınmış ve tekrar Yıldız Sarayı bünyesinde kurulmuştur.