Şer’iyye sicillerine göre Osmanlı’nın 4’üncü sultanı Yıldırım Bayezid Han’ın kız kardeşi Fatma Sultan tarafından 1549 yılında yaptırıldığı anlaşılan tarihi mescidin bakım ve onarımının da uzun yıllar Şeyhülislam Esiri Mehmed Efendi tarafından yapıldığı belirlenmiştir.
1855 büyük Bursa depreminde hasar görmüş, ancak asıl darbeyi 1958 Büyük Çarşı Yangını ile almıştır. Yangın sonrası tamamen yıkılan mescidin üzerine dükkanlar yapılmış ve yapı 65 yılı aşkın süre “kayıp” olarak kalmıştır.
Bursa Büyükşehir Belediyesi’nin “Hanlar Bölgesi Çarşıbaşı Kentsel Dönüşüm Projesi” kapsamında 2023 yılında temellerine ulaşılarak aslına uygun şekilde yeniden inşa edilmiş ve ibadete açılmıştır
Mescidin hemen yanında, halk arasında “Esir Dede” olarak bilinen Şeyhülislam Esiri Mehmet Efendi‘nin türbesi bulunur.